成立日期：1960年

本堂主保：慈悲之母

首任本堂神父：楊森神父

建堂日期：1963年

歷史敘述

原由方濟會士楊森神父租屋聘男女傳道員，協助展開傳教工作，經日以繼夜之努力，到1967年楊神父離開時近100人領洗。好景不常，以後聽道進教者日少。楊神父之後，有梅義、張俊哲、郭百濤神父接管。1969年9月董玉文神父到任。1971年9月底交教區管理。主教任命李惟添神父接任學甲天主堂兼管北門，並在同址創辦慈母托兒所。

1992年方濟會士李少峰神父退休後，遷居學甲天主堂進行拉丁文翻譯及寫作工作。

1996年瑪利諾會士甘惠忠神父奉旨籌設財團法人天主教伯利恆文教基金會，基金會與聖堂在同址運作。2007年5月李少峰神父蒙主寵召，教區為利於管理聖堂部分委由基金會負責維護。2010年甘惠忠神父鑑於聖堂建物日益頹圮，開始籌劃整修。期能有一簡單、莊嚴的聖堂以便嫁到本地信奉天主的新住民及學甲地區的教友沐臨聖理。

1960年 方濟會士楊森神父租屋聘男女傳道員，協助展開傳教工作。

1967年 ～1969年有梅義、張俊哲、郭百濤神父接管。

1969年 9月董玉文神父到任。

1971年 9月交由教區管理。主教任命李惟添神父接任學甲天主堂兼管北門。

1993年 方濟會士李少峰神父退休後，遷居本堂；主教任命蕭明昆神父兼管學甲天主堂。

2007年 李少峰神父蒙主寵召後，聖堂委由伯利恆文教基金會維護；陳伯奇神父兼管學甲天主堂牧靈工作。

甘惠忠神父使用堂區房舍成立伯利恆文教基金會，為0-6歲發展遲緩的嬰幼兒服務，以慈母幼稚園作融合教育。

2012年 2月29日，教堂整修後，重新啟用。