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教區沿革
1624年荷蘭人佔領大員〈今安平〉，在南台灣居首要地位。1626年，玫瑰省道明會士〈隨軍司鐸〉隨著西般牙軍隊到達台灣北部的三貂角登陸，並在北台灣迅速發展。全台呈現南北由荷蘭人與西班牙人分治的局面，且荷蘭基督新教與西班牙籍天主教道明會士亦隨之而來展開傳教工作。1642年八月荷軍舉兵北上，西班牙人被迫棄守。西班牙籍天主教傳教士被捕入獄，有六位神父和一位修士，囚於台南安平。總計天主教在北台灣傳教共十七年。1665年，李志神父再度來台傳教，亦無功而返。1673年，三位道明會士到安平，結果均遭荷蘭人逮捕，遣返菲島，自此教務停頓。
十九世紀
郭德剛神父
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1859年─郭德剛神父和洪保祿神父由廈門起程，並率領享照、瑞斌及李步壘先生家人，於5月18日下五抵達打狗。
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1866年─郭德剛神父與傳道員來台南，租的民房一間，收容棄嬰。後有林水龍先生領洗，又成為台灣之最初傳教傳道員。
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1870年─因郭德剛神父赴菲，由金照神父代理。
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1871年─李嘉祿神父來台南府傳教。
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1875年─李嘉祿神父奉調大陸福傳，由赫默耐神父接替，不幸逝世。
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1877年─越南籍的道明會士韓若望神父來台南接職。
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1889年─韓若望神父在台南市中山路附近購得中市房屋，另購附近地皮一大片，以備興建新堂。
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1892年─韓若望神父調回越南，台南又成為兼管區。
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1895年─台灣割讓給日本 。
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1899年─洪羅肋神父來台服務。
二十世紀
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1900年─杜默德神父來台南，除管理台南外，又赴新化、大灣等地區傳教。
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1911年─高恆德神父任職台南，因當時政府修建火車站至市府之大馬路〈即今之中山路〉，教堂土地從中被一分為二，雖然如此，但教堂從此面臨大街，反得宣傳之利。
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1923年─洪羅肋神父又來台南，創辦訓練傳道員學校，其學員中有1名台籍首任司鐸涂敏正神父。
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1925年─洪羅肋神父在中山路建造新堂，即今之「聖母無染原罪天主堂」。
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1926年─洪羅肋神父又購得新化天主堂現址。
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1933年─若瑟神父負責台南教務。
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1939年─第二次世界大戰開始局勢日漸緊張。
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1946年─日籍主教返國，台籍李天一神父管理台南教務。
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1947年─德增輝神父奉派到台南。
此時...各修會也正在台南蓬勃發展
現在
台南教區奉准於1961年3月21日，由高雄監牧區劃出，包括新合併成的直轄市─台南市及離島澎湖。首任主教為羅光總主教(1961-1966)，第二任主教為成世光(1966-1991)，第三任主教為鄭再發(1991-2004)，第四任主教為林吉男(2004-2021)，第五任主教為李若望(2021)，現任為黃敏正主教(2023-)。
1963年3月2日經省民政廳核准成立財團法人，並於同年3月12日在法院完成登記。1970年最高當局將澎湖劃出，成立澎湖宗座署理區，1991年又再度回歸台南教區。
歷任主教
李若望主教
(2021.01-06)
宗座署理林吉男主教(2021.06- 2023.06)
